Отряд специального назначения появился в таможенных органах Калининградской области 8 апреля 1997 года в соответствии с приказом Государственного таможенного комитета Российской Федерации от № 185 «О создании Калининградской оперативной таможни». Этим же документом был утвержден штат нового подразделения, в задачи которого входила защита экономической безопасности Российской Федерации с оружием в руках.
СОБРу предписывалось участие в проведении специальных мероприятий и операций по выявлению, предотвращению и пресечению правонарушений и преступлений в сфере таможенного дела, обеспечение физической защиты сотрудников таможенных органов и членов их семей, проведение специальных мероприятий и операций на таможенной границе Российской Федерации вне пунктов пропуска.
На сегодняшний день СОБР Калининградской областной таможни — это одно из наиболее подготовленных и обеспеченных подразделений специального назначения таможенных органов Российской Федерации. На его балансе находятся автомобили повышенной проходимости, мотовездеходы, моторные лодки, аэросани-амфибия на воздушной подушке, тепловизоры и приборы ночного видения, а также специальные изделия для обеспечения специальных мероприятий и операций по задержанию нарушителей таможенного законодательства в различной обстановке. В подразделении проходят службу мастера рукопашного боя, легкие водолазы и специалисты-высотники.
Бойцы СОБРа дислоцируются в отдельном здании с полной инфраструктурой и обеспечением.
Регионом деятельности СОБРа Калининградской областной таможни является вся территория Калининградской области. Это 20 таможенных постов, граница с Литвой и Польшей. Водная граница проходит по Балтийскому морю, Калининградскому и Куршскому заливам, акватории пограничных рек Северная, Неман, Шешупе и озеро Виштынецкое. На воде СОБР взаимодействует с морским отделом таможни, который насчитывает 5 таможенных судов, включая большое таможенной судно «Дмитрий Шишков», обеспечивая экономическую безопасность на Балтике.
С 2015 года в штат Калининградской областной таможни вошёл авиационный отдел, оснащённый вертолётом Ка-32С. С его использованием бойцы СОБРа не только проводят беспарашютное десантирование, но и выполняют специальные задачи на необорудованных участках границы в регионе деятельности таможни.
За период своего существования СОБР таможни провёл более 6 000 специальных мероприятий и операций, в рамках которых выявлено более 1200 правонарушений, отнесённых законодательством Российской Федерации к компетенции таможенных органов. Задержано 320 человек, 27 единиц огнестрельного оружия, 72 148 штук патронов и взрывчатых средств и устройств, 14 лодок с моторами и плотов, 42 единицы автотранспорта, 62 тонны товаров народного потребления стоимостью свыше 9,5 миллионов рублей, более 500 килограммов янтаря разных фракций общей стоимостью около четырёх миллионов рублей. Из незаконного оборота изъято 673,5 килограммов наркотических веществ, 966 тысяч пачек сигарет на сумму более 50 миллионов рублей.
Только в минувшем, 2016 году, специальным отрядом быстрого реагирования Калининградской областной таможни было проведено 245 специальных мероприятий, что в 1,3 раза больше чем в 2015 году (194 мероприятия). Пресечены четыре попытки ввоза табачной продукции на территорию Российской Федерации с сокрытием. Установлено 92 лица, причастных к противоправным действиям. Выявлено 248 административных правонарушений. Из незаконного оборота изъято 468 тысяч сигарет на общую сумму более миллиона рублей, 44,7 тонн товаров, в том числе включённых в список санкционных, стоимостью свыше 6,9 миллиона рублей, 31,3 килограмма янтаря разных фракций общей стоимостью более 300 тысяч рублей. Наложено штрафных санкций на сумму 2,5 миллиона рублей, взыскано штрафов на сумму 800 тысяч рублей. Выявлено 85 административных правонарушений при непосредственном участии сотрудников СОБР.
Сегодня, в день своего юбилея, действующие сотрудники СОБР и должностные лица, проходившие ранее службу в этом отделе, провели торжественное собрание в конференц-зале таможни. После просмотра документального фильма, посвященного истории таможенного спецназа, начальник Калининградской областной таможни Александр Кочнов вручил сотрудникам подразделения ведомственные награды, а приглашенным гостям — памятные медали «20 лет СОБР». «Хочу сказать, что Калининградская областная таможня гордится вами, — сказал Александр Юрьевич в заключение. — Уверен, что и в дальнейшем своими достижениями вы дадите нам немало ещё поводов для гордости».